Normal gehen die Deckel recht einfach runter, es sei denn sie sind eingeklebt worden, was bei dir aber nicht so ausschaut. Rohe Gewalt würde ich nicht machen, die Deckel sind teuer und je nach Modell kaum oder gar nicht mehr zu beschaffen.
Die Zapfwelle ... du meinst die Hohlwelle des Nebenantriebs, die kann nicht fest stecken, die ist beiderseits stets mehr oder minder geölt. Was sein könnte, falls das Lager im Deckel schon arg hin war, könnte das Lager auf der Welle gefressen haben.
Was ich versuchen würde: ich würde mir was bauen, was um das blanke Rohr greift und dieses fest hält/klemmt, und dann wie mit einem Schlagauszieher versuchen mit bedachten zug-schlägen den Deckel doch noch zu lösen.
Plan B
Aber das wäre nur der letzte Versuch vor der unweigerlichen Zerstörung des Deckels - an den Laschen der Federn leichte Zugschläge (Gewindestange rein, und nach vorn dann per Zughammer versuchen zu lösen...
Jedenfalls sollte man den Deckel nicht verkannten, auch da muss man aufpassen. Aber ich hatte noch nie einen, der dermaßen fest hing.
Bau doch sonst mal den vorderen unteren Getriebedeckel ab, der macht dir einen Zugang direkt von unten und hinter den Deckel den du ab haben willst, vielleicht siehst du dann schon das Problem oder kanns von hinten mal drücken, durch das Loch von unten her...